В статусе временно исполняющего обязанности ректора Самарского университета он проработал год.
Временное руководство вузом перешло к Владимиру Богатыреву в январе 2019 года в связи с истечением срока полномочий Евгения Шахматова на посту ректора. В январе 2020 года, как сообщили в вузе, министр науки и высшего образования РФ Михаил Котюков подписал приказ о назначении Владимира Богатырева на должность ректора Самарского национального исследовательского университета имени академика С.П. Королева. Основанием для приказа является решение аттестационной комиссии Минобрнауки России. Владимир Богатырев будет возглавлять вуз 5 лет — с 16 января 2020 года по 15 января 2025 года.
